
生命情報学キーノート
- シリーズ名:
- キーノートシリーズ
- 本体価格:3,200円+税
- D.R.ウェセッド/J.H.パリッシュ/R.M.トゥイマン 著
- 池尾一穂/鈴木善幸/五條堀孝 監訳
- B5 / 282頁
- C 3045
- 2003年12月出版
- ISBN13:978-4-431-71065-3
- ISBN10:4-431-71065-5
概要
本書は大学1-2年の学生を対象としたバイオインフォマティクス(生命情報学)の入門書であり,多様な生命情報学の基本的な知識が初心者にも容易に理解できるように構成されている.生命情報学のすべての領域を含む15の章・52の項目に分けて書かれていて,各項目の冒頭にはその要点が"ポイント"として箇条書きの形でまとめられている.コンパクトな教科書ではあるが生命情報学の全領域が偏りなく網羅されていて,この1冊で生命情報学の基本的な事項を理解できるようになっている."bioinformatics" は,生命情報学のほか,生物情報科学,情報生物学などとも訳されるが,今日,生命科学を理解するために必須の分野になっているといっても過言ではない.実際,2003年にはヒトゲノムの完全解読終了宣言がなされ,ゲノムシークエンシングの超高速化とともに,遺伝子発現やタンパク質発現,タンパク質間相互作用などの網羅的研究が台頭する,いわゆるポストゲノムシークエンシング時代に突入している.この時代の大きな特徴は,複雑に関係しあっている各種の生命情報が大量に生産されることである.これらの大量データを効率よく処理しながら,複雑な関係を明晰に解き明かし生命現象を総合的に理解するためには,コンピューターの利用に代表される情報科学的な方法の導入は,至極当然のことだと考えられる.ここに,まさに生命情報学の存在理由がある. 本書は,生命情報学の広範囲なテーマがバランスよくかつ簡潔に解説されているため,この分野の初心者には非常によい教科書となるだろう.理学,医学,工学,農学,薬学の学部学生から大学院生,研究員,大学教官,さまざまな専門学校の学生,医師や医療従事者,企業の研究開発関係者など,幅広い読者層を対象としているので,本来のバックグランドとは関係なく,この分野への興味だけで読んでも得るところが多いと思う. 初めて学ぶ人のための新しい教科書,キーノートシリーズ.生命情報学の全領域をコンパクトに網羅した入門教科書の決定版.
A.生命情報学の全体像
生命情報学の展望
生命情報学とインターネット
WWW上の役に立つ生命情報学サイト
B.データの獲得
DNA,RNA,タンパク質の配列決定
タンパク質構造の決定方法
遺伝子とタンパク質の発現情報
タンパク質相互作用データ
C.データベース 内容,構造,アノテーション
ファイル形式
アノテーションされた配列データベース
ゲノムや生物種に特化したデータベース
雑多なデータベース
D.生物学データの取得
EntrezとDBGET/LinkDBを用いたデータの取得
SRS(配列取得システム)を用いたデータの取得
E.配列類似性の基準によるデータベースの配列検索
配列の類似性検索
アミノ酸置換行列
データベース検索:FASTAとBLAST
配列の浄化
反復データベース検索とPSI-BLAST
F.多重配列アラインメント:遺伝子およびタンパク質ファミリー
多重配列アラインメントとファミリー関係
タンパク質ファミリーとパターンデータベース
タンパク質ドメインファミリー
G.系統学
系統学,分岐学,オントロジー
系統樹作成
高分子配列の進化
H.配列アノテーション
ゲノムアノテーションの原理
アノテーションツールと資源
I.構造情報学
概念モデルとタンパク質の立体構造
タンパク質三次元構造とタンパク質機能との関連
タンパク質の構造と機能の進化
構造データの入手,視覚化と解析
構造アラインメント
既知の三次元構造に基づくタンパク質の分類:CATHとSCOP
タンパク質の構造予測法入門
比較モデリング法による構造予測
二次構造予測
より進んだタンパク質の構造予測と予測戦略
J.マイクロアレイのデータ解析
マイクロアレイデータ:解析方法
マイクロアレイデータ:ツールと資源
配列サンプリングとSAGE
K.プロテオミクスデータ解析
二次元電気泳動のデータ解析
タンパク質の質量分析データの解析
L.高次システム
分子経路のモデル化と再構成
タンパク質相互作用の情報学
高次モデル
M.生物学における化学情報資源
分子表記の規則
化学情報学の資源
N.創薬産業における生命情報学
生命情報学と創薬
製薬情報学の資源
O.生命情報学における計算機処理の基本原理
コンピュータソフトウェアの実行
コンピュータオペレーティングシステム
ソフトウェアのダウンロードとインストール
データベースの操作
生命情報学の展望
生命情報学とインターネット
WWW上の役に立つ生命情報学サイト
B.データの獲得
DNA,RNA,タンパク質の配列決定
タンパク質構造の決定方法
遺伝子とタンパク質の発現情報
タンパク質相互作用データ
C.データベース 内容,構造,アノテーション
ファイル形式
アノテーションされた配列データベース
ゲノムや生物種に特化したデータベース
雑多なデータベース
D.生物学データの取得
EntrezとDBGET/LinkDBを用いたデータの取得
SRS(配列取得システム)を用いたデータの取得
E.配列類似性の基準によるデータベースの配列検索
配列の類似性検索
アミノ酸置換行列
データベース検索:FASTAとBLAST
配列の浄化
反復データベース検索とPSI-BLAST
F.多重配列アラインメント:遺伝子およびタンパク質ファミリー
多重配列アラインメントとファミリー関係
タンパク質ファミリーとパターンデータベース
タンパク質ドメインファミリー
G.系統学
系統学,分岐学,オントロジー
系統樹作成
高分子配列の進化
H.配列アノテーション
ゲノムアノテーションの原理
アノテーションツールと資源
I.構造情報学
概念モデルとタンパク質の立体構造
タンパク質三次元構造とタンパク質機能との関連
タンパク質の構造と機能の進化
構造データの入手,視覚化と解析
構造アラインメント
既知の三次元構造に基づくタンパク質の分類:CATHとSCOP
タンパク質の構造予測法入門
比較モデリング法による構造予測
二次構造予測
より進んだタンパク質の構造予測と予測戦略
J.マイクロアレイのデータ解析
マイクロアレイデータ:解析方法
マイクロアレイデータ:ツールと資源
配列サンプリングとSAGE
K.プロテオミクスデータ解析
二次元電気泳動のデータ解析
タンパク質の質量分析データの解析
L.高次システム
分子経路のモデル化と再構成
タンパク質相互作用の情報学
高次モデル
M.生物学における化学情報資源
分子表記の規則
化学情報学の資源
N.創薬産業における生命情報学
生命情報学と創薬
製薬情報学の資源
O.生命情報学における計算機処理の基本原理
コンピュータソフトウェアの実行
コンピュータオペレーティングシステム
ソフトウェアのダウンロードとインストール
データベースの操作
著者紹介
David R. Westhead (D.R. ウェセッド)School of Biochemistry and Molecular Biology, University of Leeds, UK
J. Howard Parish (J.H. パリッシュ)
School of Biochemistry and Molecular Biology, University of Leeds, UK
Richard M. Twyman (R.M. トゥイマン)
Department of Biology, University of York, UK
(所属は初刷出版時)
監訳者紹介
池尾 一穂 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター鈴木 善幸 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
五條堀 孝国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター (所属は初刷出版時)
訳者紹介
峯田 克彦 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター小倉 淳 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
堀田 耕司 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
花田 耕介 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
中村 洋路 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
小笠原 倫大 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
大城戸 利久 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
岩間 久和 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
櫻井 仁美 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
(担当章順,所属は初刷出版時)
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